Dla każdego wybranego odczytu brano pod uwagę tylko region pasujący do genomu wirusa. Wszystkie odczyty zostały połączone z oprogramowaniem SPAdes (asembler genomu Petersburga) w celu uzyskania kompletnego kodującego wirusa genomu.6 Analiza filogenetyczna
Uzgodniliśmy 29 kompletnych sekwencji genomowych EBOV, które są dostępne w GenBank z nową sekwencją DRC (skrót COD) EBOV (numer dostępu, KM519951), stosując algorytm ClustalW i pakiet oprogramowania MEGA 5.7 Użyliśmy łańcucha Bayesian Markov Monte Carlo metoda w MrBayes, wersja 3.2, oprogramowanie do wnioskowania drzew filogenetycznych, z wykorzystaniem dwóch serii czterech łańcuchów z milionem pokoleń, z szybkością wypalania 25% i modelem podstawienia nukleotydów GTR + G + I.
Izolacja wirusa
Hodowle tkankowe przeprowadzono w laboratorium Biomafety poziomu 4. Monowarstwy komórek Vero na sześcio-studzienkowych płytkach inkubowano przez godzinę w 37 ° C z 50 .l surowicy z każdej próbki przy rozcieńczeniu 1:10 w podłożu Eagle a zmodyfikowanym przez Dulbecco. Dodano pożywkę zawierającą 2,5% płodową surowicę cielęcą i mieszankę antybiotyków (5 ml), a komórki inkubowano w 37 ° C w 5% dwutlenku węgla przez 7 dni. Supernatant zebrano i przechowywano w temperaturze -80 ° C aż do wykorzystania do charakterystyki genomowej. Wirusowy wzrost w liniach komórkowych potwierdzono przy użyciu specyficznego testu RT-PCR w czasie rzeczywistym, jak opisano powyżej.
Wyniki
Analiza kliniczna i epidemiologiczna
Rysunek 2. Rycina 2. Przypuszczalne, prawdopodobne i potwierdzone przypadki choroby zakaźnej wirusem Ebola (EVD) w Demokratycznej Republice Konga. Przedstawiono rozkład podejrzanych, prawdopodobnych i potwierdzonych przypadków EVD w zależności od wieku (panel A) i tygodniowego występowania (panel B) w prowincji Équateur. Pokazano również liczbę przypadków EVD zgłaszanych codziennie od początku objawów u pacjenta wskaźnikowego w dniu 26 lipca (panel C) i skumulowanej liczby przypadków (panel D). Zaprezentowana w Tablicy C częstość przypadków jest przedstawiana jako średnia z 3 dni, aby wyróżnić sześć szczytów zapadalności (w postaci numerowanej), w tym przypadek indeksowy.
Tabela 1. Tabela 1. Przypadki prawdopodobnej lub potwierdzonej choroby wirusowej Eboli, zgodnie z zgłaszanymi objawami i objawami, w Demokratycznej Republice Konga. Od 26 lipca do 7 października 2014 r. Rozpoznaliśmy 69 pacjentów z podejrzeniem EVD (3 pacjentów), prawdopodobnie (28 pacjentów) lub potwierdzono (38 pacjentów). Spośród tych pacjentów 33 było mężczyznami, a 36 kobietami; 80% pacjentów to osoby w wieku od 21 do 60 lat (ryc. 2A). Wśród pacjentów z podejrzeniem choroby stwierdzono, że wyższy odsetek dzieci niż dorosłych cierpi na choroby niezwiązane z EVD. Spośród 69 pacjentów zmarło 21 pacjentów płci męskiej i 28 kobiet, w tym 3 dzieci w wieku poniżej 5 lat, co spowodowało przypadek śmiertelności wynoszący 74% wśród prawdopodobnych i potwierdzonych przypadków, o ile zgłoszono wszystkie przypadki i zgony. W przypadku 28 par kontaktów u pacjentów z EVD mediana (seryjna) przerwa między datami zgłaszanego pojawienia się objawów wynosiła 16 dni (zakres od 3 do 27), a średnia (. SD) wynosiła 16,1 . 4,4 dni, podobnie jak w Afryce Zachodniej.2 W przypadku 32 z 49 pacjentów, którzy zmarli, mediana czasu od zgłoszenia wystąpienia objawów do śmierci wyniosła 11 dni (zakres od do 30), a średnia wyniosła 11,3 . 6,8; przerwa nie była mierzona dla innych pacjentów, którzy zmarli. Wszystkich 8 pracowników służby zdrowia, którzy zostali dotknięci – 4 z prawdopodobnym EVD i 4 z potwierdzonym EVD – zmarło. W porównaniu z pacjentami z podejrzeniem EVD, u których wykryto choroby niezwiązane z EVD, u pacjentów z prawdopodobnym lub potwierdzonym EVD występowała gorączka, bóle głowy, biegunka, wymioty lub nudności, zmęczenie, anoreksja, ból mięśni, trudności w połykaniu, zapalenie spojówek, i krew w stolcu lub wymiocinach (Tabela 1).
Wybuch ten był spowodowany przenoszeniem z człowieka na człowieka, ale wszystkie przypadki i kontakty wydają się pochodzić z pojedynczego przypadku indeksu – innymi słowy, nie było dowodów na więcej niż jeden transfer zakażenia ze zbiornika zwierzęcego. Do tej pory wszystkie sprawy ograniczono do prowincji Équateur, w tym miasta Boende (około 45 000 mieszkańców, z czterema obszarami dotkniętymi chorobą), Boende Moke, Bokongo, Lokolia, Lokula, Mondombe i Watsi Kengo (od 4000 do 12 000 mieszkańców), które znajdują się na drodze RP314 lub w jej pobliżu (rysunek 1). Większość podejrzanych, prawdopodobnych lub potwierdzonych przypadków EVD zgłoszono w miejscowościach Lokolia (39 przypadków) lub Watsi Kengo (18 przypadków), a tylko 4 przypadki odnotowano w mieście Boende i 8 w innych miastach w dystrykcie.
Maksymalna liczba przypadków odnotowano w tygodniach rozpoczynających się 17 i 24 sierpnia, zgodnie z datą pojawienia się objawów (Figura 2B). Możliwe jest, poprzez wykreślenie codziennych przypadków, rozróżnienie kilku generacji przypadków, na co wskazuje sześć szczytów występowania, w tym początkowy przypadek indeksu (rysunek 2C)
[hasła pokrewne: certolizumab, dinoprost, leczenie chrapania warszawa ]
Powiązane tematy z artykułem: certolizumab dinoprost leczenie chrapania warszawa